2023두41314 부가가치세부과처분 등 취소청구
[실제 거래의 주체가 아닌 제3자(자회사) 명의로 세금계산서를 발급·수취한 경우 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지가 문제된 사례]
☞ 식품 제조 판매업을 영위하는 A그룹 회장의 업무상 횡령 과정에서, 원고들 중 일부인 모회사(이하 ‘원고 모회사들’)가 자회사 명의로 세금계산서를 발급ㆍ수취하자 과세관청인 피고들은 원고들을 상대로 부가가치세 부과처분 등을 하였고, 이에 원고들이 그 처분의 취소를 청구한 사안임
☞ 원심은, 원고 모회사들이 자신의 계산과 책임으로 사업을 영위하지 않는 자회사의 명의를 빌려 그 명의로 사업자등록을 하되, 그 등록된 사업을 온전히 자신의 계산과 책임으로 영위하면서 부가가치세를 신고ㆍ납부해 온 것으로 평가할 수 있다는 전제에서, 원고 모회사들이 자회사 명의로 발급ㆍ수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서가 아니라고 판단하였음
☞ 대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 원고 모회사들과 자회사는 별도로 설립 및 사업자등록이 이루어진 점, 과세당국으로서는 자회사 명의로 된 사업자등록의 실질적인 귀속자가 원고 모회사들인지 자회사인지 혼동을 일으킬 가능성이 높았을 것으로 보이는 점, 원고 모회사들은 대표이사 등의 자금 횡령을 목적으로, 자회사 명의의 기존 사업자등록을 이용하여, 원고 모회사들의 매출의 외형을 자회사로 이전시키면서 자회사의 거래행위를 나타내는 세금계산서를 발급ㆍ수취하였을 뿐이라고 볼 소지가 큰 점 등의 사정을 종합하여 보면, 원고 모회사들이 자회사 명의로 발급ㆍ수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아, 이와 달리 판단한 원심을 파기ㆍ환송함
주 문
원심판결의 피고 원주세무서장 패소 부분 중 원고 2 회사에 대한 2013년 2기부터 2017년 2기까지의 각 부가가치세 및 2011년 1기부터 2017년 2기까지의 각 세금계산서미발급가산세 부과처분 부분, 원심판결 별지2 표2 기재 각 법인세(가산세 포함) 부과처분 부분, 별지2 표3 기재 각 부가가치세 가산세 부과처분 부분, 원고 3 회사에 대한 2014년 1기부터 2017년 2기까지의 각 부가가치세 및 2011년 1기부터 2017년 2기까지의 각 세금계산서미발급가산세 부과처분 부분, 원심판결 별지3 표2 기재 각 법인세(가산세 포함) 부과처분 부분, 원고 4 회사에 대한 원심판결 별지4 표 기재 각 가산세 부과처분 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 원고들의 상고와 피고 성북세무서장의 상고를 모두 기각한다. 상고비용 중 원고 1 회사의 상고로 인한 부분은 위 원고가, 피고 성북세무서장의 상고로 인한 부분은 위 피고가 각 부담한다.
이 유
상고이유를 판단한다.
1. 사안의 개요
원심판결 이유와 기록에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.
가. 원고 2 회사(변경 전 상호: △△△ 주식회사, 이하 ‘원고 2 회사’라 한다)와 원고3 회사(변경 전 상호: 주식회사 □□□, 이하 ‘원고 3 회사’라 하고, 원고 2 회사와 통틀어 ‘원고 모회사들’이라 한다)는 ◇◇실업, ☆☆포장 등 거래처들(이하 ‘이 사건 각 거래처’라 한다)로부터 라면스프와 포장박스 등을 공급받아 라면 완제품 생산업체인 원고 1 회사에 공급해 왔다. 원고 2 회사는 원고 1 회사의 지분 33.26%를 보유하고 있고, 원고 1 회사는 원고 3 회사의 지분 79.87%를 보유하고 있으며, 이들 회사들은 기업집단인 ▽▽▽ 그룹에 속해 있다.
나. ▽▽▽ 그룹의 회장인 소외 1과 그 배우자인 소외 2(이하 ‘소외 1 등’이라 한다)는 원고 1 회사의 대표이사 등으로 경영에 관여하면서, 2007년경 원고 모회사들 소속 직원들로 하여금, 원고 모회사들이 원고 1 회사에 공급하는 물품들 중 일부를 이른바 ‘페이퍼컴퍼니’인 소외 3 회사와 원고 4 회사(이하 소외 3 회사와 통틀어 ‘이 사건 각 자회사’라 한다)가 공급하는 것처럼 서류를 조작하여, 원래는 원고 모회사들이 원고 1 회사으로부터 지급받아야 하는 공급대금을 이 사건 각 자회사의 계좌로 받아 사용하기로 공모한 후, 이 사건 각 자회사 명의 계좌로 지급된 공급대금 중 상당액을 각 임의 사용하는 방법으로 업무상 횡령을 하였다. 한편 원고 2 회사는 2017. 9. 1. 소외 3 회사를 흡수합병하였다.
다. 소외 1 등은 2019. 1. 25. 위 횡령 범행에 관하여 ｢특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률｣위반(횡령)죄로 징역 3년(소외 1) 및 징역 2년에 집행유예 3년(소외 2) 등의 판결을 선고받았고(서울북부지방법원 2018고합141), 그 판결은 항소 및 상고가 모두 기각되어 그대로 확정되었다.
라. 서울지방국세청장은 원고들에 대한 세무조사를 실시한 결과, 2011년부터 2017년까지, 원고 1 회사가 원고 2 회사로부터 라면스프 원료를 공급받았음에도 소외 3 회사 명의로 발급된 세금계산서(계산서 포함)를, 원고 3 회사로부터 포장박스를 공급받았음에도 원고 4 회사 명의로 발급된 세금계산서(이하 원고 1 회사가 위와 같이 발급받은 각 세금계산서를 ‘이 사건 ① 세금계산서’라 한다)를 각 수수하고, 그 전 거래 단계에서, 원고 모회사들이 이 사건 각 거래처로부터 라면스프 원료와 포장박스를 공급받았음에도 마치 위 물품을 이 사건 각 자회사가 이 사건 각 거래처로부터 공급받은 것처럼 ‘공급받는 자’가 이 사건 각 자회사로 기재된 각 세금계산서(이하 ‘이 사건 ② 세금계산서’라 하고, 이 사건 ① 세금계산서와 통틀어 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)를 수수한 사실을 확인한 뒤, 그에 관한 과세자료를 원고들의 관할세무서장인 피고들에게 통보하였다.
마. 피고 성북세무서장은, 원고 1 회사가 이 사건 각 자회사로부터 수취한 이 사건 ① 세금계산서 관련 매입세액을 공제하지 않기로 하여, 2019. 1. 21.부터 2019. 4. 1.까지 사이에 원고 1 회사에 대하여 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세, 세금계산서위장수취가산세 등으로 2011년 1기분부터 2017년 2기분까지의 부가가치세(가산세 포함) 합계 4,744,080,540원을 증액경정ㆍ고지하였다.
바. 피고 원주세무서장은, 이 사건 각 자회사의 매출로 신고된 부분에 관한 납세의무를 실제 사업자인 원고 모회사들이 부담하여야 한다는 전제에서, 이 사건 ① 세금계산서와 관련된 매출세액을 원고 모회사들의 매출세액에 가산하는 한편, 이 사건 ② 세금계산서의 매입세액을 공제하지 않기로 하고, 이 사건 각 자회사가 당초 법인세 신고 시 신고하였던 소득금액을 원고 모회사들의 익금에 산입하기로 하였다. 피고 원주세무서장은 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세, 세금계산서미발급가산세 및 법인세 본세와 일반과소신고가산세, 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세, 지출증빙미(허위)수취가산세, 계산서미발급가산세 등으로 2019. 1. 18.부터 2019. 4. 1.까지 사이에 원고 2 회사에 대하여는 2011년 1기분부터 2017년 2기분까지의 부가가치세(가산세 포함) 합계 2,453,968,160원과 2011사업연도부터 2017사업연도까지의 법인세(가산세 포함) 합계 2,689,152,010원을, 원고 3 회사에 대하여는 2011년 1기분부터 2017년 2기분까지의 부가가치세(가산세 포함) 합계 923,256,120원과 2008사업연도부터 2017사업연도까지의 법인세(가산세 포함) 합계 1,407,351,940원을 각 증액경정ㆍ고지하였다.
사. 피고 원주세무서장은 또한, 이 사건 각 자회사가 발급 또는 수취한 이 사건 각 세금계산서와 관련하여 세금계산서가공발급ㆍ수취가산세를 부과하기로 하고, 그 산출세액에서 이 사건 각 자회사가 이미 납부한 부가가치세액을 자진납부세액으로 차감하여, 2019. 1. 18.과 2019. 4. 1. 2011년 1기분부터 2017년 2기분까지의 부가가치세 가산세로 소외 3 회사의 합병법인인 원고 2 회사에 대하여는 합계 587,736,620원을, 원고 4 회사에 대하여는 합계 240,537,760원을 각 증액경정ㆍ고지하였다. 위 세금계산서가공발급ㆍ수취가산세에는 원고 모회사들과 이 사건 각 자회사 사이에 재화 또는 용역(이하 ‘재화 등’이라 한다)의 공급 없이 가공으로 발급ㆍ수취한 세금계산서(이하 위 세금계산서가 가장한 원고 모회사들과 이 사건 각 자회사 사이의 거래를 ‘이 사건 내부거래’라 한다)에 대하여 부과한 가산세가 포함되어 있다.
2. 피고 성북세무서장의 상고에 대하여
피고 성북세무서장은 상고하였으나, 상고장이나 상고이유서에 구체적인 불복이유 기재가 없다.
3. 피고 원주세무서장의 상고이유에 대하여
가. 원고 모회사들에 대한 각 부가가치세 본세, 각 세금계산서미발급가산세 및 법인세 관련 각 지출증빙미(허위)수취가산세, 계산서미발급가산세, 원고 2 회사 및 원고 4 회사에 대한 각 세금계산서가공발급ㆍ수취가산세(이 사건 내부거래 외 부분)에 관한 법리오해(제1, 2 상고이유) 1) 관련 규정 및 법리 전 단계 세액공제법을 채택하고 있는 부가가치세법 아래에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 하므로, 사업자등록과 함께 부가가치세 제도를 효과적으로 시행하기 위한 필수적인 요소이다(대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결, 헌법재판소 2015. 11. 26. 선고 2014헌바267 결정 등 참조).
이러한 취지를 반영하여 부가가치세법령에서는 세금계산서의 필수적 기재사항을 정하는 한편, 이러한 필수적 기재사항이 세금계산서에서 누락되거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없도록 규정하고 있다. 구체적으로 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제32조 제1항은 세금계산서의 기재사항으로 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭(제1호)’, ‘공급받는 자의 등록번호(제2호)’를 들고 있고, 제39조 제1항 제2호는 발급받은 세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있다.
다만 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 단서 및 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로
개정되기 전의 것) 제75조 제2호는, 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는, 해당 매입세액은 매출세액에서 공제하도록 정하고 있다. 그리고 여기에서 ‘사실과 다르다’는 의미는, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이, 재화 등에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등 형식적인 기재내용에 불구하고, 그 재화 등을 실제로 공급하거나 공급받는 주체나 가액, 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조). 재화 등을 공급하거나 공급받은 자가 제3자의 위임 아래 제3자의 사업자등록을 이용하여 실제 거래를 하면서 제3자 명의로 된 세금계산서를 발급ㆍ수취한 경우, 이때의 사업자는 거래상대방과 명목상의 법률관계를 형성하고 있는 제3자가 아니라 실제로 재화 등을 공급하거나 공급받는 거래행위를 한 자로 보아야 한다. 그렇지만 그 세금계산서는 실제 거래행위자의 거래행위가 아닌 제3자의 거래행위를 나타내기 위해 제3자에
의해 발급ㆍ수취된 것일 뿐이므로, 재화 등을 실제 공급하거나 공급받은 자에 의해 발급ㆍ수취된 것으로 볼 수 없다(대법원 2012. 5. 10. 선고 2010도13433 판결, 대법원2025. 2. 27. 선고 2021도7108 판결 등 참조). 이러한 경우 제3자 명의로 된 세금계산서는, 실제 거래를 한 사업자와 세금계산서상의 명의자가 다르므로, 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호에서 규정하는 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우에 해당한다. 따라서 실제 거래를 한 사업자로부터 재화 등을 공급받은 거래상대방이 제3자 명의로 된 세금계산서가 명의위장된 것임을 몰랐다는 특별한 사정이 없는 한 해당 매입세액은 공제 또는 환급받을 수 없다(대법원1997. 3. 28. 선고 96다48930, 48947 판결, 대법원 2003. 1. 10. 선고 2002도4520 판결 등 참조). 이 경우에는 앞서 본 바와 같이 세금계산서를 발급ㆍ수취한 명의자는 세금계산서에 기재된 재화 등을 실제 공급하거나 공급받은 것이 아니므로, 결과적으로 재화 등의 공급 없이 가공으로 세금계산서를 발급ㆍ수취한 것에 해당한다. 반면, 재화 등을 공급하거나 공급받은 자가 실제로는 자신이 직접 사업체를 운영하면서 형식적으로 사업자등록 명의만을 제3자로 한 경우에는, 그 명의자인 제3자가 아니라 실제로 사업체를 운영하면서 재화 등을 공급하는 거래행위를 한 자가 사업자가 되는 것은 물론이고, 자신의 거래행위를 나타내는 세금계산서를 발급ㆍ수취하여야 할 주체에 해당한다고 보아야 한다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014도14990 판결 등 참조).
따라서 형식적으로 제3자 명의로 사업자등록이 된 사업체를 운영하여 재화 등을 공급하거나 공급받는 자가, 비록 제3자 명의로 된 세금계산서를 수수하였다고 하더라도, 실제로 그 세금계산서에 기재된 수량의 재화 등이 그 기재된 가격대로 공급되었다면, 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우에 해당한다고 볼 수 없다. 나아가 위와 같은 경우, 재화 등을 실제 공급하거나 공급받는 자가 그 세금계산서에 기재된 수량의 재화 등을 그 기재된 가격으로 실제 공급하거나 공급받은 이상, 재화 등의 공급 없이 가공으로 세금계산서를 발급ㆍ수취하였다고 볼 수 없다. 앞서 본 세금계산서 제도의 취지, 관련 법령의 내용과 세금계산서의 기능 등에 비추어 보면, 세금계산서의 기재가 제3자 명의로 되어 있음에도 불구하고, 예외적으로 명의자인 제3자가 아니라 실제로 사업체를 운영하면서 재화 등을 공급하거나 공급받는 거래행위를 한 자를 세금계산서를 발급ㆍ수취하는 주체로 인정할 것인지는, ‘제3자’ 명의의 세금계산서를 통한 거래가 부가가치세, 소득세, 법인세의 세원 포착 관련 과세행정에 곤란을 야기한 정도와 세금탈루의 가능성 등을 기준으로 판단하되, 명의자인 ‘제3자’와 ‘실제 사업체를 운영하는 자’의 경력, 지위 및 관계, 해당 사업장에 제3자 명의의 사업자등록을 하거나 이용하게 된 동기나 목적, 경위 및 시기, 해당 사업장에서 제3자 명의로 운영하는 사업의 구체적인 내용, 그 형태나 거래 방식, 해당 사업장 내 수익이나 비용 등의 관리 및 자금 운영 방식, 세금계산서 발급ㆍ수취 등에 명의자인 ‘제3자’ 가 관여한 정도와 그와 같은 발급ㆍ수취 등을 통해 ‘제3자’가 얻은 이익의 유무 등과 같은 사정들을 종합적으로 고려하여 신중하게 판단하여야 한다. 부가가치세법에 따른 세금계산서와 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표 뿐만 아니라 이와 유사한 기능을 수행하는 소득세법과 법인세법에 따른 계산서, 매출ㆍ매입처별계산서합계표 등에 있어서도 마찬가지이다(대법원 2025. 2. 27. 선고 2021도7108 판결 등 참조).
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